InDesign、Illustratorには、パッケージ機能によって、リンク画像やフォントを収集することができます。
しかし、パッケージ機能を使うと、ドライブ内にInDesignファイル（Illustratorファイル）とリンク画像が2セットできてしまいます。
野口悠紀雄さんは、正本が２つできることを「ドッペルゲンガーシンドローム」と呼び、避ける手法として、著書やインタビューなどで警告し続けています。
そんな名前がなくてもミスの元ですよね。
ちなみに、私の場合、パッケージ後、パッケージしたものを原本として、それまでのものはZIP圧縮、ZIPファイルのみを残して残りは捨ててしまいます（次の図でいうとA）。
リンクしているファイルを指定の場所に移す、というか、正確には複製する（InDesignのみ）
InDesignの［リンク］パネルでファイルを選択し、右クリックメニューから［場所を指定してリンクをコピー…］を実行すると、指定したディレクトリにリンク画像を複製することができます。
リンク画像は2セットできてしまいますが、ドライブ内のいろいろな箇所からリンクしているような場合に、いわば、画像だけをパッケージすることができます。
［リンク］パネルメニューの［ユーティリティ］→［場所を指定してリンクをコピー…］でも同様です。
［リンク］パネルの表示オプションを変更して、リンクのパスを表示する
リンク画像のパス（どこにあるのかの情報）は、リンクパネル下部に表示されます。パネルオプションを変更することで、［リンク］パネル内で表示させると一覧性が高まります。
このように表示するには、［リンク］パネルメニューの［パネルオプション］をクリックして、［パネルオプション］ダイアログボックスを開き、［パス］の［コラムに表示］オプションにチェックを付けます。
リンクのパスを分割して表示する
パスの表示は、なかなかよさげですが、パスが長い場合には、パネルの表示領域を大きく取ってしまいます。
次のように分割して表示することもできます。
ここでは、パネルオプションをスクロールし、［フォルダー0］、［フォルダー1］、［フォルダー2］のオプションにチェックを付けました。
どこの階層にあるかのチェックには、［フォルダー0］だけオンにすればよいでしょう。
ネタ元
InDesignSecretsの次の記事を参考にしました。
Best tip I’ve seen in a while! (I forget about Folder 0!)
とコメントされている方がいますが、「これぞ、Tips！」というTipsですね。私自身、知りませんでした。