3年ほど前に記事にしました「埋め込み画像の抽出（InDesign編）」ですが、Yさんより有益な情報をいただきましたので、こちらにて記事にさせていただきます。
以前の記事では、埋め込んでオリジナルのないファイルは抽出できないので、一度PDFを書いて抽出するという方法をとっておりましたが、コメントによると標準機能で抽出できるとのことでした。
さっそく検証してみました（MacOS 10.6.8+CS6）。
まず、InDesignに画像を埋め込みます。
↑リンクファイルに埋め込みアイコン付いていますね
オリジナルがない状況にするためオリジナルファイルを削除し、「リンクを埋め込み解除」を選択します。
すると、以下のダイアログが出ます。
「はい」を押すとオリジナルが見つからない旨のダイアログが出て終了します。
↑「OK」を押すと終了
ここで、「いいえ」を選択すると保存先のダイアログが現れます。
↑ダイアログが出るので保存先を選択します
保存先を選んで「選択」を押すと、ファイルが抽出されます。
↑ファイル名も埋め込んだとおり
標準機能にちゃんと埋め込みファイルの抽出機能が備わっていたとは…。しかも検証の結果CS3でも大丈夫でした（CS2以前を持っていないので未検証）。恐るべしInDesign！
↑これCS3。項目名がちょっと違う
＜コメント引用＞
埋め込み画像の抽出で検索するとここが上位にヒットするので、できないと判断してしまう人も多いのではと思いコメントさせて頂きました。
まさにその通りです。
私の環境では、記事を書いた以後もInDesignで画像を埋め込むような運用はなく、さらに抽出もすることもないので、この仕様には全く気付きませんでした。恐らく情報をいただけなければ一生気付かなかったと思います。
このようなご指摘はとても助かります。コメントを頂いたYさん、本当にありがとうございました！
流星さんより、2.0.2でできましたとの情報をいただきました。
CS2（ver.4）じゃなくてver.2ということは2002年発売。Illustratorに10年先行しているのか…^^